Trần Cảo tạm bị dẹp yên nhưng các đại thần nhà Lê lại quay sang đánh nhau. Nguyễn Hoằng Dụ và Trịnh Tuy trở về kinh thành, nghe theo lời gièm pha của con em nên xảy ra hiềm khích. Hoằng Dụ đóng quân ở phường Đông Hà, Tuy đóng quân ngoài thành Đại La giữ nhau.

Hoằng Dụ cáo ốm không vào chầu. Nguyễn Quán Chi tâu lên việc đó. Vua Chiêu Tông đem chuyện Lạn Tương Như và Liêm Pha nước Triệu thời Chiến Quốc để khuyên hai tướng giảng hoà[13] nhưng không được.

Nguyễn Hoằng Dụ cất quân đánh Trịnh Tuy ở các phường Vĩnh Xương, Khúc Phố, Phục Cổ tại kinh thành, ba lần đánh mà không được. Tỳ tướng của Trịnh Tuy là Nguyễn Thế Phó trúng tên phải lui. Tuy bèn chạy vào Thanh Hoa. Trần Chân về phe với Tuy[14] thấy Nguyễn Hoằng Dụ đuổi Trịnh Tuy, bèn cất quân đánh Hoằng Dụ. Sau đó Chân mật gửi thư cho con em ở các dinh Sơn Tây là Nguyễn Kính, Nguyễn Áng cùng đánh. Ngày hôm ấy, Nguyễn Hoằng Dụ vào yết kiến vua, định ra cửa Đại Hưng, nhưng ông ngờ là có Trần Chân ở đó, bèn ra cửa Đông Hoa. Lát sau, ông xuống thuyền lánh về Thanh Hoa.

Bấy giờ thông gia của Trần Chân là Mạc Đăng Dung trấn thủ Sơn Nam, Trần Chân gửi thư khuyên Đăng Dung chặn giữ lại, Đăng Dung không nỡ, nên Hoằng Dụ đi được thoát.

Đuổi được Hoằng Dụ, Trần Chân một mình nắm quyền trong triều.

Đầu năm 1517, theo lời của Trần Chân, Lê Chiêu Tông sai Nguyễn Công Độ đem quân bộ, Mạc Đăng Dung đem quân thuỷ đuổi Hoằng Dụ chạy vào huyện Thuần Hựu. Quân triều đình đào mả cha Hoằng Dụ là Nguyễn Văn Lang, chém lấy đầu. Hoằng Dụ lại hội quân chống nhau với quân triều đình. Ông gửi bức thư và một bài thơ cho Mạc Đăng Dung, khuyên Đăng Dung đừng bức bách mình. Mạc Đăng Dung nhận được thư và thơ đó, liền đóng quân không đánh. Hoằng Dụ được toàn quân chạy về.